Huyện Phụng Tân được chia ra làm 13 đơn vị hành chính cấp hương, gồm 10 trấn và 3 hương. Ngoài ra huyện này còn quản lí 6 đơn vị tương đương cấp hương khác.

• Trấn: Phùng Xuyên (冯川镇), Xích Ngạn (赤岸镇), Xích Điền (赤田镇), Tống Phụ (宋埠镇), Can Châu (干洲镇), Tháo Hạ (澡下镇), Hội Phụ (会埠镇), La Thị (罗市镇), Thượng Phú (上富镇), Cam Phường (甘坊镇)
• Hương: Ngưỡng Sơn (仰山乡), Tháo Khê (澡溪乡), Liễu Khê (柳溪乡)

Đơn vị ngang cấp hương khác

• Khu công nghiệp huyện Phụng Tân (奉新县工业园区)
• Biện sự xứ Thạch Khê (石溪办事处)
• Khu danh thắng phong cảnh núi Bách Trượng (百丈山名胜风景区)
• Khu khai khẩn: Can Châu (干洲垦殖场), Đông Phong (东风垦殖场)
• Trang trại cá giống (农牧渔良种场)